Из многодетной любавической хасидской семьи, отец — Иехиел Менделевич Выгодский (1829—?) — занимался снабжением русской армии экипировкой в Вильно, мать — Рона Лейбовна Выгодская (1832—?). Брат — видный литовский врач и общественный деятель, министр по еврейским делам и депутат польского сейма Яков Ефимович Выгодский (отец писательницы Александры Бруштейн, дед балетмейстера Надежды Надеждиной). В 1880 году окончил курс Виленской 2-й гимназии. После окончания медицинского факультета Дерптского университета работал в Городской глазной лечебнице в Санкт-Петербурге. Диссертацию по теме «О результатах иридэктомии при первичной глаукоме и их стойкости» защитил в 1902 году (тогда же опубликована отдельной книгой). В 1890—1900 годах был ассистентом кафедры глазных болезней Императорского клинического института Великой княгини Елены Павловны, ученик профессора Г. А. Донберга (1852—1900), после смерти которого исполнял обязанности заведующего кафедрой.[3] С 1902 года занимался частной практикой и частной преподавательской деятельностью в институте, с 1914 года — на кафедре офтальмологии Императорской военно-медицинской академии (с 1921 года приват-доцент). Статский советник. С 1926 года и до конца жизни вновь заведующий кафедрой офтальмологии Ленинградского института усовершенствования врачей, профессор.[4] Организовал преподавание офтальмологии на базе Ольгинской больницы на Тверской улице (1927) и первый курс физиотерапии глаза; с 1930 года преподавание велось на базе Городской глазной больницы № 7 на Моховой улице. Основные научные труды в области семиотики и хирургического лечения глаукомы, трахомы, злокачественных новообразований слёзных желёз, внедрил операцию вылущивания слёзного мешка.